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Feuille de route nationale des infrastructures de recherche : une impulsion vers une intégration internationale

La feuille de route française des infrastructures de recherche 2018-2020 a retenu 99 infrastructures de recherche au total. L’Inra coordonne ou contribue de façon significative à 13 de ces infrastructures dans les domaines : Biologie et Santé, Sciences de la Terre de l’Environnement, Information scientifique et technique et e-infrastructures.

Plateforme de phénotypage à haut-débit du Laboratoire d’Ecophysiologie des Plantes sous Stress Environnementaux (LEPSE) à Montpellier. Les objectifs sont d’analyser et modéliser la variabilité génétique des réponses des plantes à des conditions environnementales contrastées, en particulier la sécheresse et les températures élevées.. © Inra, MAITRE Christophe
Mis à jour le 13/09/2018
Publié le 10/09/2018

Les infrastructures de recherche, stratégiques pour la connaissance et l’innovation

L’Inra et ses partenaires soutiennent des infrastructures de recherche de la feuille de route nationale, pour l’agronomie, l’environnement et la nutrition. Ces infrastructures sont des dispositifs de grande taille, le plus souvent distribués pour ce qui concerne les domaines de l’Inra. Aux fronts de science et de technologie, elles offrent aux communautés scientifiques des services de production et de gestion de données, de développement technologique, de formation, et, de l’innovation. Dans un contexte de développement de l’Open science, elles s’inscrivent dans une démarche d’ouverture et de transparence, permettant notamment l’accessibilité aux données produites et de nouveaux modes de collaboration. Les infrastructures axées sur la gestion de données permettent le partage de résultats à l’échelle européenne voire au-delà. Elles forment la base d’un espace numérique européen ouvert. L’identification via des DOI les rend citables dans toute publication scientifique ayant eu recours aux données, matériels, etc. qu’elles proposent et permettent déjà de mesurer leur forte contribution à l’élaboration des connaissances.

Ces infrastructures de recherche sont devenues « d’incroyables moteurs de savoir, des attracteurs de talents, des catalyseurs de collaborations, des porteurs d’image et de prestige scientifique » (Frédérique Vidal, Ministre du MESRI), et constituent un pilier de la stratégie nationale de recherche quand elles sont sur la feuille de route nationale. Elles portent également des enjeux majeurs pour les établissements de recherche au regard des services offerts mais aussi de l’ampleur des ressources qui leur sont dédiées. Ainsi, l’Inra a consacré en 2016, environ 94 M euros aux seules infrastructures auxquelles il contribue dans cette feuille de route nationale. Pour toutes ces raisons, les infrastructures de recherche sont désormais placées au centre de défis stratégiques, scientifiques et financiers, ce qui pose la question d’une programmation conjointe, interinstitutionnelle, nationale et européenne.
  

Questions à Gilles Aumont, délégué aux infrastructures de Recherche à l’Inra :

Comment l’Inra raisonne et structure son dispositif au niveau national et européen ?

L’Inra a historiquement mis en place une organisation pour gérer, via ses départements de recherche, les unités expérimentales et les plates formes analytiques (notamment les ‘OMics) mais aussi des dispositifs variés : expérimentaux, d’observation, centres de ressources biologiques, plateformes technologiques. En 2010, avec l’émergence des projets du plan d’Investissements d’Avenir dédiés aux infrastructures de recherche, en particulier dans les domaines de la biologie et de la santé, ces organisations ont pris une dimension nationale. Dans le même temps certaines communautés avaient déjà engagé des collaborations au niveau européen.

Depuis 2015, l’Inra a engagé une démarche globale d’ouverture (soutenue par une charte), de structuration et de reconnaissance de ses dispositifs collectifs de production et de gestion des données. Il s’agit pour l’institut de s’articuler avec les dynamiques nationales et européennes, en coopération avec ses partenaires, pour offrir aux communautés scientifiques d’innovation les services les plus performants et les plus compétitifs. La contribution importante de l’Inra dans la feuille de route nationale est l’expression de cette démarche, qui vise à faire reconnaître au niveau national des domaines d’intérêt pour les sciences agronomiques, de l’environnement et de la nutrition, avec des infrastructures de recherche dédiées :

  • (i) soit à des objets d’étude (ressources agronomiques, sciences forestières, infectiologie animale, …)
  • (ii) soit à des technologies (génomique, métabolomique, phénotypage des plantes, ...)
  • (iii) soit à des disciplines (écologie expérimentale, …).

L’Inra promeut également des infrastructures plus orientées vers les TRL (technological readiness level, mesurant la proximité au marché de l’innovation) élevés et très ancrées avec les partenaires de l’innovation, comme IBISBA dans le domaine des biotechnologies industrielles.

des domaines d’intérêt en sciences agronomiques, environnement et nutrition

Au niveau européen, cette démarche dans la feuille de route s’accompagne d’une impulsion qui devrait donner à l’Inra une place dans les infrastructures de recherche à la hauteur de ses ambitions représentées par son dispositif de recherche agronomique le plus important d’Europe et parmi les plus gros au monde. Actuellement l’Inra porte ou est impliqué dans 4 projets Esfri (infrastructures créées par coopération inter-nationale) et dans 6 projets d’infrastructures de recherche intégrées (créées par collaboration entre institutions de recherche).
L’Inra met ainsi en place une stratégie propre et originale, ancrée dans les dynamiques nationales et européennes et fondée sur les acquis et propositions de ses équipes de recherche. Cette approche d’ouverture est garante de la capacité de se situer sur les fronts de science et de technologie qui permettra aux communautés de l’Inra de disposer des meilleures capacités.
  

Nos infrastructures et le numérique ?

Les exigences d’ouverture et de diffusion des résultats qu’offre l’Open data sont désormais mieux prises en compte dans la structuration de nos dispositifs conformément au Document d’Orientation Inra #2025 (« OpenScience-1 : Des infrastructures de recherche connectées »). Certaines de nos infrastructures ont ainsi mis en place des services innovants de gestion des données qui sont considérés en Europe telles Emphasis.

En outre, dans le paysage européen et national, les e-infrastructures sont considérées comme offrant des services qui vont de la gestion « pure » des données jusqu’au développements logiciels, algorithmiques et la modélisation. C’est ainsi qu’ont été inscrits sur la feuille de route nationale, les Pôle de données terre, et le Pôle National de Données sur la Biodiversité, auxquels l’Inra contribue. L’organisation de nos actifs en matière de numérique scientifique auprès des infrastructures de recherche se situe dans cette dynamique. Enfin, l’Inra a également, comme mentionné dans sa stratégie pour 2025, engagé des initiatives pour coordonner au niveau national comme européen des pôles de données ou des e-Infrastructures qui permettront une meilleure intégration et interopérabilité des données produites sur les « systèmes alimentaires », entités qui désignent les domaines allant des conditions de la production jusqu’aux aliments et aux impacts sur la santé et l’environnement.

place de l’Inra dans la Feuille de route nationale 2018

Les infrastructures de recherche coordonnées par l’Inra :

  • Emerg’In : dédiée à la lutte contre les maladies infectieuses animales émergentes ou zoonotiques par l’exploration in vivo ;
  • Emphasis-FR : Infrastructure de phénotypage des plantes;
  • Ibisba-FR : dédiée au développement des biotechnologies industrielles ;
  • In-Sylva : infrastructure dédiée aux recherches forestières pour une gestion adaptative des forêts ;
  • Métabo-Hub : Infrastructure de métabolomique et de fluxomique dédiée à tous domaines (agronomie, santé, ...) ;
  • RARE : infrastructure de Centre de Ressources Biologiques qui rassemble les ressources agronomiques animales, végétales, forestières, microbiennes et de l’environnement, dédiées à la recherche ;

L’Inra contribue significativement comme partenaire aux infrastructures suivantes :

  • AnaEE-FR Natura : infrastructure d’expérimentation sur les écosystèmes ;
  • Celphedia-Tefor, pour la création, l’élevage, le phénotypage, la distribution et l’archivage d’organismes modèles à des fins de recherche fondamentale et biomédicale ;
  • E-LTER-France OZCAR Application et Recherche, infrastructure d’observation ayant pour objet d’étude la Zone Critique (zone d’interactions entre lithosphère, hydrosphère, cryosphère, biosphère et atmosphère) ;
  • France génomique : génomique et bioinformatique associées ;
  • ICOS France : infrastructure d’observation sur les flux de carbone, et les gaz à effet de serre ;
  • Neuratris : Infrastructure de Recherche Translationnelle pour les Biothérapies en Neurosciences ;
  • IR Système Terre, pôle de données et services pour le système Terre (données satellites, navires, avions, ballons et mesures in situ) ; l’Inra contribue à Theia, pôle de donnée des surfaces continentales ;

L’Inra participe également à 3 infrastructures très généralistes des services offerts aux communautés scientifiques :

  • HAL, archive ouverte
  • RENATER dispositifs de communications et informations
  • France Grilles, ressources informatiques.
projet IBISBA

Une reconnaissance européenne pour le projet français IBISBA

L’ESFRI (Forum stratégique européen sur les infrastructures de recherche) a présenté le 11 septembre 2018 à Vienne (Autriche) sa feuille de route 2018. Parmi les projets sélectionnés pour la feuille de route européenne des infrastructures de recherche, le projet porté par la France, IBISBA2, a pour ambition de fédérer les forces de R&D européennes pour créer une infrastructure de recherche dédiée au développement de la biotechnologie industrielle. Coordonné par l’Inra, il rassemble 14 partenaires de 9 pays européens3, dont pour la France le CEA, l’Insa Toulouse et l’Université de Nantes. La vocation du projet : augmenter les interactions entre les laboratoires publics et la recherche industrielle, afin d’accélérer la production de connaissances et leurs applications. Ses objectifs : générer des preuves de concept, développer des méthodologies standardisées, constituer un environnement adapté pour la formation d’une nouvelle génération de professionnels pour la biotechnologie industrielle.

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