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L’Inra et l’AP-HP, un partenariat pour une recherche coordonnée sur le microbiote

L'Inra et l'Assistance publique - Hôpitaux de Paris ont signé un accord cadre de partenariat qui vise à renforcer la complémentarité entre les chercheurs spécialistes du microbiote et les cliniciens. Cette collaboration cible les recherches médicales sur les pathologies humaines dont il a été montré qu'elles avaient un lien important avec la composition du microbiote.

Vue en coupe d'un épithélium intestinal (en bas) avec des crypte colorées en bleu. L'épithélium est surmonté de la couche de mucus (blanc et bleu clair) et du microbiote colique (partie supérieure) dans lequel on distingue des fibres végétales (en vert).. © Jasper KAMPHUIS - Inra, KAMPHUIS Jasper
Par Christine Jez
Mis à jour le 09/11/2018
Publié le 08/11/2018

Recherche translationnelle et pratique hospitalière, des complémentarités à exploiter, au service de l'innovation

Les enjeux médicaux autour de l'importance du microbiote dans les pathologies humaines ont été démontrés, et les progrès mondiaux dans ce domaine sont très rapides. Pour l'Inra comme pour l'AP-HP, la recherche dans le domaine du microbiote est une priorité. De cette recherche sont attendus de nouveaux traitements pour de nombreuses maladies (maladies métaboliques, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, cancers, maladies infectieuses, maladies neurospychiatriques et neurodégénératives) et états pré-pathologiques (ex. prédiabète) ou troubles fonctionnels (syndrome de l'intestin irritable). Pour que les connaissances biologiques et leurs applications en médecine se développent, les microbiologistes et physiologistes ont besoin d'échantillons et de données sur les patients, tandis que les cliniciens doivent pouvoir s'appuyer sur des outils robustes d'analyse et d'interprétation des données issues de l’étude du microbiote. L'expertise médicale et la connaissance des patients est le domaine de l'AP-HP, qui, avec ses 12 groupes hospitaliers, s'impose comme le premier promoteur européen d'essais cliniques. L'institution dispose de cohortes et de bases de données sur les patients exceptionnelles, ressources d'une grande richesse pour la recherche. De son côté, l'Inra publie sur le microbiote intestinal depuis plus de 60 ans et a acquis une renommée mondiale sur le sujet grâce aux recherches conduites sous le leadership de l'Institut Micalis et du démonstrateur pré-industriel MétaGénoPolis (MGP) qui dispose en particulier de cinq plateformes pour l'étude intégrée et standardisée du microbiote, depuis la collecte des échantillons jusqu'aux analyses bioinformatiques et biostatistiques. Le potentiel de recherche fondamentale et appliquée de MGP est unique en Europe ; il inclut en particulier un dispositif de validation d'effets in vivo sur des souris axéniques (dépourvues de microbiote). L’ensemble de ce dispositif permet d'apporter une analyse fine du microbiote et de l'étude des relations entre le microbe et l'Homme, le microbe et les organes, le microbe et la cellule.

De la collecte d'échantillons biologiques au développement de nouveaux traitements

La collaboration entre les deux institutions a pour vocation d'optimiser la recherche et l'innovation en matière d'amélioration de la qualité des soins aux patients. La réussite de l'initiative repose sur la construction d'interfaces pertinentes et opérationnelles qui permettront d'ouvrir la médecine de demain à l'utilisation des analyses de microbiote. Les domaines de collaboration principaux prévus par l'accord entre l'Inra et l'AP-HP concernent le développement des compétences de collecte et d'analyse des échantillons de selles en milieu hospitalier, la mise en place de standards permettant aux praticiens d'utiliser les données "microbiote" de chaque patient, la poursuite des recherches sur les corrélations entre composition du microbiote et santé des individus, et l'innovation en matière de traitement des patients. La gouvernance est assurée par un comité de pilotage bipartite et elle fonctionne grâce à la mise en place de contrats d'application. Au-delà des engagements des deux parties sur les domaines scientifiques, médicaux et éthiques, la collaboration bénéficie d'un partage de compétences en développement économique et partenarial.
 
En favorisant les interactions entre chercheurs spécialistes du microbiote et cliniciens, la coopération entre l'Inra et l'AP-HP renforce la prise en compte du microbiote en recherche clinique et la perspective du développement de nouveaux outils et traitements pour améliorer la qualité des soins aux patients.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

  • Joël Doré
  • David Petiteau
  • Harry Sokol
Département(s) associé(s) :
Microbiologie et chaîne alimentaire, Alimentation humaine
Centre(s) associé(s) :
Jouy-en-Josas

Signature d'un accord-cadre

Florence Favrel Feuillade (Directrice de la Délégation à la Recherche Publique et à l’Innovation, APHP) et Philippe Mauguin (Président-Directeur Général de l’Inra) ont signé le 18 juillet 2018 un accord-cadre de coopération pour une durée de 5 ans.